Kvalgrupperna för UEFA European U-21 Championship 2006 matchade, där så var möjligt, 7- och 6-lags VM 2006- kvalgrupperna för de europeiska seniorlagen. Undantagen var där Andorra , Färöarna , Liechtenstein och Nordirland var inblandade; ingen av dem gick med i ett U21-lag. Tyskland , vars seniorer inte behövde kvalificera sig till VM (eftersom de kommer att vara värdar) lades till en av de 5-lagsgrupper som skapades av de ovan nämnda nationernas frånvaro.
Europas 48 nationella U21-lag som deltog i var uppdelade i åtta grupper (sex grupper om 6 + en grupp om 5 + en grupp om 7). De åtta gruppvinnarna spelade mot de åtta tvåorna i grupp på tvåben hemma och borta för att avgöra de åtta kvalificerande lagen.
Fördelningen av lag i kvalificeringsgrupper baserades på kvalificeringen för 2006 FIFA World Cup med flera ändringar, vilket återspeglar frånvaron av vissa nationer: