Det mongoliska nationella mästerskapet 2006 var den trettionionde inspelade upplagan av toppfotboll i Mongoliet och den elfte säsongen av den mongoliska Premier League , som tog över som den högsta konkurrensnivån i landet från det tidigare mongoliska nationella mästerskapet. Khoromkhon var mästare, deras andra titel, Khasiin Khulguud var tvåa, med Khangarid på tredje plats.
Säsongen 2006 bestod av tre distinkta etapper: den första etappen bestod av tre grupper om fyra lag, där varje grupp spelade en enda round robin av matcher. Från detta skede gick de två översta lagen i varje grupp utöver de två tredjeplacerade lagen med de bästa rekorden vidare till nästa uppsättning matcher. Den andra omgången bestod av ytterligare två grupper om fyra lag, där varje grupp återigen tävlade om en round robin av matcher. Vinnarna i varje grupp gick sedan direkt vidare till en finalmatch med en enda etapp, medan tvåorna i varje grupp kämpade om en tredjeplats i slutspelet.