Charlton började säsongen bra, kom trea i slutet av augusti, tvåa i slutet av september och femma i slutet av oktober, men föll bort under andra halvan av säsongen för att sluta på den nedre halvan av tabellen på trettonde plats. I slutet av säsongen avgick managern Alan Curbishley efter 15 år i klubben - 10 som manager - mitt i rykten att FA skulle kontakta honom med ett erbjudande om att leda den engelska nationella sidan (jobbet gick så småningom till Middlesbroughs Steve McLaren ). Curbishley ersattes av Iain Dowie , som ökänt lämnade södra London- rivaler Crystal Palace , och hävdade att han ville vara närmare sin familj i Bolton - bara för att ansluta sig till Addicks.
Anfallaren Darren Bent , värvad från Championship - laget Ipswich Town , gjorde ett betydande inflytande under sin första hela Premier League-säsong, och gjorde 18 mål (22 i alla tävlingar) för att sluta som den tredje högst målskytten i ligan och den mest poänggivande engelsmannen. Tyvärr för honom var hans produktiva poäng inte tillräckligt för att han skulle komma in i Englands VM- trupp, med Arsenals 17-årige anfallare Theo Walcott en överraskande inkludering framför honom.
Utrustning
Efter två säsonger bytte Charlton sitt hemmadräkt, även om de spanska klädtillverkarna Joma förblev leverantörerna. Under säsongen sponsrade kläderna dock all:sports; Charlton undertecknade sedan ett sponsringsavtal med det spanska fastighetsbolaget Llanera fram till slutet av säsongen 2007–08 .
Till klubbens hundraårsjubileum bar Charlton i en match i oktober en speciell hundraårsutrustning med ett vitt band på tröjans vänstra sida och ett rött band på shortsens vänstra sida.
GK: #36, Thomas Myhre , 26 
RB: #2, Luke Young , 38 
CB: #3, Hermann Hreidarsson , 42 
RM: #19, Dennis Rommedahl , 22 
CM: #8, Matt Holland , 26 
CM: #7, Radostin Kishishev , 40