Utslagningsstadiet i FIFA Confederations Cup 2001 började den 7 juni med semifinalomgången och avslutades den 10 juni 2001 med finalen på International Stadium Yokohama i Yokohama . De två bästa lagen från varje grupp gick vidare till knockout-stadiet för att tävla i en turnering i stil med singeleliminering . En tredjeplatsmatch ingick och spelades mellan semifinalernas två förlorande lag.
I knockout-stadiet (inklusive finalen), om en match var jämn i slutet av 90 minuter, skulle förlängning av två perioder (15 minuter vardera) spelas. Om ställningen fortfarande var jämn efter förlängning, skulle matchen avgöras genom straffläggning . Dessutom användes en gyllene målregel , enligt vilken om målet görs under förlängningen avslutas matchen omedelbart och det målgivande laget vinner.