Totalt 26 nationer gick in i kvalfasen. FIFA avvisade Mauritius och Moçambiques bidrag på grund av deras utestående skulder, vilket lämnade 24 nationer att tävla om de kvalificerade platserna. Lesotho , Rwanda och Togo drog sig ur efter lottningen till den första omgången, som ägde rum den 12 december 1987, men innan de spelade en match. Libyen vann sin oavgjorda första omgång och gick vidare till den andra omgången, men drog sig ur halvvägs genom det skedet, vilket innebar att alla deras resultat i gruppen annullerades.
Första omgången : Algeriet , Kamerun , Elfenbenskusten , Egypten , Kenya , Marocko , Nigeria och Zaire , de åtta bäst rankade lagen enligt FIFA, fick byes och gick direkt vidare till andra omgången. De återstående sexton lagen var ihopkopplade för att spela knockoutmatcher på hemma- och bortabasis. Vinnarna skulle gå vidare till andra omgången.
Andra omgången : De åtta vinnarna från den första omgången fick sällskap av de åtta seedade lagen och uppdelade i fyra grupper med fyra lag vardera. Lagen skulle spela mot varandra på hemma- och bortabasis. Gruppvinnarna skulle gå vidare till finalomgången.
Finalomgång : De fyra återstående lagen parades ihop för att spela knockoutmatcher på hemma- och bortabasis. Vinnarna skulle kvalificera sig.
Åtta knockout (tvåbens) slipsar krävdes ursprungligen, som involverade de sexton lägst rankade afrikanska länderna. Uttagna av tre lag innebar att endast fem oavgjorda matcher faktiskt tävlades. De åtta framgångsrika lagen gick vidare till gruppformatet i den andra omgången.
De åtta kvalmatcherna från den första omgången fick sällskap av de åtta högst rankade CAF-lagen. Lagen delades upp i fyra grupper om fyra som spelade en round-robin hemma och borta, där de fyra gruppvinnarna gick vidare till den sista omgången.