Det var sex deltagande lag i Santam Bank Trophy Division A. Lag spelade mot varandra två gånger under säsongen, en gång hemma och en gång borta. Lagen fick två poäng för en vinst och en poäng för oavgjort. De två bästa lagen i divisionen – tillsammans med de två bästa lagen från division B kvalificerade sig till slutspelet för titeln. Laget som slutade etta i division A skulle spela hemma mot laget som slutade tvåa i division B och laget som slutade tvåa i division A skulle spela hemma mot laget som slutade etta i division B.
Det nedersta laget i loggen kvalificerade sig till nedflyttningsslutspelet. Det laget spelade bort mot laget som vann Santam Bank Trophy Division B över två omgångar. Vinnaren över dessa två matcher kvalificerade sig till Santam Bank Trophy Division 1990, medan det förlorande laget kvalificerade sig till 1989 Santam Bank Trophy Division B.
Boland och Fjärran norr kvalificerade sig till semifinalen i troféfinalen. Northern Natal kvalificerade sig till nedflyttningsslutspelet. * Teckenförklaring: Pos = Position, Pl = Spelad, W = Vann, D = Oavgjort, L = Förlorad, PF = Poäng för, PA = Poäng mot, PD = Poängskillnad, TF = Försök för, TA = Försök mot, Pts = Logga poäng Poängfördelning: *2 poäng för vinst *1 poäng för oavgjort
I uppflyttningsslutspelet släppte Eastern Free State in den andra omgången till Boland , som vann uppflyttning till Currie Cup Division B. Eastern Free State degraderade till en början, men på grund av Currie Cup Division B:s expansion till 8 lag behöll de sina plats.
I nedflyttningsslutspelet slog South Western Districts Northern Natal sammanlagt och vann uppflyttning till division A. Men på grund av att Sydvästra Afrika drog sig tillbaka och att Currie Cup Division B utökades från sex lag till åtta lag, var det dock endast nio lag var kvar i Santam Bank Trophy och det beslutades att slå samman division A och division B till en enda division för 1990.
